明治三十三年長沼市街地に小社殿を建築し奉斎し、後に東三線北五番地の高台に移転し奉斎したのが、長沼神社の前身とされる。

大正二年六月、官幣大社札幌神社の御分霊を御祭神として奉斎する鎮座地(現在地)を定め、社殿を建築し遷座祭を斎行した。

大正十三年七月、長沼神社創立許可。同時に村社に列せられ、御饌幣帛料供進の神社に指定される。

昭和十年、開村四十周年を記念し御社殿の御造営に着手。

北海道庁の設計により元の樺太神社を基本とし、昭和十二年神明造の壮麗なる御社殿が完成し遷座祭を斎行、社務所移築完了した昭和十六年郷社に昇格。

長沼総鎮守として社運隆昌の元が築かれた。

昭和二十一年、宗教法人設立。昭和四十二年、旧社務所改築落成する。